یکی از موقعیت‌های شغلی که فارغ التحصیلان رشته مهندسی صنایع غذایی در کارخانه‌ها دارند، تحت عنوان مسئول فنی و کنترل کیفیت کارخانه‌ها است. در ساختار قانونی، وظیفه‌ای که مسئول فنی به عهده دارد، ناظر و نماینده وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی می باشد که پروانه فعالیت را پس از طی دوره های تخصصی در معاونت های غذا و دارو مراکز استان ها دریافت می نماید همچنین با توجه به اینکه محصولات صنایع غذایی مشمول استاندارد اجباری می باشند باید حتما کارشناس صنایع غذایی دوره های ضروری در سازمان استاندارد و تحقیقات صنعتی را نیز بگذارند و پروانه مسئول کنترل کیفی را نیز از آن ارگان دریافت نماید تا حق امضاء را برای خروج محصول دارای پروانه ساخت تولید را داشته باشد. با کمی تامل می توان دریافت صنعت غذا یکی از معدود صنایع کشور است که وابستگی بسیار کمی به واردات مواد غذایی دارد و مردم اکثرا" از تولیدات فرآوری شده داخلی استفاده می‌کنند. با توجه به حجم انبوهی از غذا و محصولات غذایی که مورد استفاده مردم قرار می‌گیرد، تقریباً بالای ۸۰ درصد سبد غذایی مردم را محصولات تولیدی که در کارخانه‌های صنایع غذایی داخلی تولید شده تشکیل می‌دهند و سهم محصولاتی که به طریقه سنتی و ارگانیک تهیه می‌شود خیلی کم شده است و در حال حاضر کشور های هند، اتیوپی و مکزیک پرچم دار محصولات ارگانیک استاندارد در جهان هستند.
با توجه به حجم عظیم کارخانجات صنایع غذایی بالغ بر ۳۰ هزار کارخانه و کارگاه صنایع غذایی که در کشور داریم که در حدود ۲۲ هزار مسئول فنی و کنترل کیفیت وظیفه نظارت بر تولید این مواد غذایی را برعهده دارند که این اهمیت کار را نشان می‌دهد. بسیاری از بیماری‌های غیر واگیردار و واگیردار از طریق غذا، هوا، خاک، آب منتقل می‌شوند که با وجود این حجم از آلودگی هوا در شهر‌های بزرگ و همچنین وضعیت آب‌های زیرزمینی و منابع آبی که مردم استفاده می‌کنند، غذا مصرفی نیز امروزه با توجه به برخی بی‌توجهی‌ها شیب سعودی به سمت وضعیت بحرانی در حرکت است.
مسئول فنی یا ناظر وزارت بهداشت و سازمان استاندارد و تحقیقات صنعتی در کارخانه تولیدی صنایع غذایی برای اینکه وظایف خود را در چهارچوب قانون آن انجام بدهد، باید از لحاظ قانونی بتواند از تولید یا اجازه خروج محصول معیوب جلوگیری به عمل آورد و در واقع لازمه آن در مقابل اقداماتی که باعث بروز مشکلات و بیماری مصرف کنندگان می‌شود باید توان واحد تصمیم گیری لازم و ضروری را داشته و نباید به مجموعه مدیریتی در داخل کارخانه و محیط کار خود وابسته باشد. اما متأسفانه طبق آیین‌نامه‌ها و روال رایج وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی همه مسئولان فنی که درکارخانجات صنایع غذایی کار می‌کنند، به استخدام کارخانه‌دار در می‌آیند و حقوق آنها را مالک کارخانه پرداخت می‌کند البته انجمن های مسئولین کنترل کیفی در حمایت از این افراد وجود دارد که باز توان کافی و قانونی برای حمایت همه جانبه را از مسئولین فنی و کنترل کیفی ندارد.
این سوال مطرح می‌شود، چنین فردی که قانون اجازه جذب آن را به صاحب کارخانه داده تا از تمام مراحل استخدام و پروسه های آن توسط کارخانه‌دار انجام شود، چگونه امکان آن وجود خواهد داشت که در صورت تولید محصول بی کیفیت یا خارج از استاندارد ملی مورد نظر آن در قبال سود کارخانه‌دار بایستد و از ورود به بازار آن جلوگیری نمایند. در حالی که وزارت بهداشت و سازمان استاندارد و تحقیقات صنعتی این قدرت را به نماینده قانونی داده است که با یک امضا بتواند جلوی خط تولید را بگیرد و اجازه ندهد چند تن محصول وارد بازار شود، ولی عملا این قدرت، کارایی لازم را نمی تواند به تنهایی ایفا نماید، چراکه این شخص از لحاظ مالی وابسته به کارخانه‌دار است، بنابراین عملا این اهرم فشار هیچ بازتاب درستی ندارد، موارد بسیاری پیش آمده است که مسئولان فنی بین دوراهی قرار گرفته‌اند که یا به آینده شغلی‌شان فکر کنند یا به سلامت غذای مردم. تهدید به اخراج، تهدید جانی، مالی و بسیاری تهدیدات دیگر از جمله به اجرا گذاشتن سفته های دریافتی از مسئولین فنی و کنترل کیفی توسط کارفرا که خلاف قانون می باشد در این باره به گوش رسیده است.
از لحاظ تولید محصول با کیفیت اولین شرط آن کنترل فاکتور های شیمایی و میکروبی مواد غذایی اولیه قبل از ورود به خط تولید و در نظر گرفتن استاندارد ملی و بین المللی آن محصول می باشد و یک متخصص صنایع غذایی بایستی به صورت مداوم از لحاظ علمی به روز باشد و در زمینه های مهندسی شیمی، برنامه ریزی تولید، تحقیقات بازار و در نظر گرفتن مشتریان بازارهای هدف نزدیک و دور با ذائقه آنها و رفتار مشتری آشنایی داشته باشد و مدیریت مالی را نیز برای کاهش هزینه های تولید و در به حداقل رساندن ضایعات تولید نقش داشته باشد.
از طرفی دیگر تکنولوژی های به روز و جایگزین به نوبه خود شاید در کوتاه مدت بار مالی برای شرکت های تولید کننده مواد غذایی داشته باشد اما یک متخصص صنایع غذایی با برنامه ریزی و جایگزینی سیستم جدید در خط تولید مسلما" می تواند سود دهی بیشتری با افزایش راندمان تولید و یا ارتقاء کیفیت محصول از لحاظ غذایی نسبت به سایر رقبای بازار یا حتی تولید محصولات جدید و در دراز مدت برای آن کارخانه داشته باشد و در واقع امنیت غذایی بیشتری را برای مصرف کننده آن محصول شاهد باشیم و یا در شرایط حاد این امکان وجود خواهد داشت بتواند خدمات ارزنده دیگری را برای منطقه داشته باشند.